魔法學院中海螺長老正在給魔法少年們傳授海洋知識，幻化成黑霧的海蛇女王突然侵襲魔法學院，不但抓走了海螺長老，還用利用海螺長老的法器海螺吸干了海水。教官意識到海底世界的危險命令魔法少年前往海底世界救援，魔法少年們來到海底世界后很快發現了異樣，并將目標鎖定住了海蛇女王，原來海蛇女王是海底垃圾輻射【shè】后的變異體，野心勃勃的海蛇女王聯合電鰻法師、蝦兵蟹將在海底世界胡作非為，并利用“海晶”控制缺水的海底精靈們，企圖統治海底世界。魔法少年們分析出事件的真相后與海螺長老、海公主、小涂涂等海底精靈齊心協力，不畏艱險，最終戰勝了海蛇女王，奪回了海螺，恢復了海底世界的自由和快樂，經過這次的戰役之后魔法少年們也更加深刻的明白了不亂扔垃圾，保護環境的重要性。