「沈黙のパレード」の4年前に起きた事件を描く「ガリレオ 禁斷の魔術」。帝都大學の準教授である湯川のもとを刑事の草薙俊平と、部下の牧村朋佳が訪れる。殺害されたフリーライター?長岡修の部屋から、突然倉【cāng】庫の壁に穴が開くという奇妙な動畫ファイルが見つかったのだ。動畫を観て珍しく興味を抱く湯川。「映像が撮影された場所を見せてくれ」と言う湯川のただならぬ様子を気にかけつつ、草薙は牧村とともに現場へ向かう。