《打黑重案組》故事發生在南方市，當地的公安局打黑重案組遭遇到一樁棘手案件。在破案過程中，重案組受到各種各樣的阻撓，案件偵破幾度中斷。但公安局長和乾警們不為困難所阻，不顧自己和家人所遭受的苦痛，堅持調查最終查清案情，一舉打掉了南方市的黑惡組織。