忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に曬すことはない。だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。主人公、櫻羽一時(shí)は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。ある日、一時(shí)は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業(yè)であると聞かされる。なぜ一時(shí)は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正當(dāng)後継者だったからなのだ！伊【yī】賀と甲賀は長(zhǎng)年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。一時(shí)が生きるためには…自らも忍者になるしかない！こうして、誰(shuí)も知らない忍者の世界に身を投じる一時(shí)。一人前の忍者となるべく學(xué)び、戦い、苦難に立ち向かう。だがそれは、一時(shí)が辿る過(guò)酷な運(yùn)命の、ほんの序章でしかなかった…。