在毫無征兆的一個晴朗日子，一枚導彈筆直飛來，將國際大都會東京都內極具代表性的彩虹橋炸為兩截。該事件在都內引起不小的騷動，此后不久，警視廳公安部外事三課的警部高畑慧（高島禮子 飾）帶著相關視頻資料找到藤田繼次（筧利夫 飾）所統率的特車二課，經分析發現這次襲擊來自于【yú】那架自衛隊不久前失竊的新型戰斗直升機AH-88J2改“灰色幽靈（Grey Ghost）”。經高畑之口得知，該恐怖事件與拓植行人、灰原零（森カンナ 飾）有直接的關系。而在紛亂的實踐中，特車二課則面臨著被撤消的危險。