圣誕之夜，卡森共和國水企業和哈里曼達拉公司簽訂協議的大廈門外，無數群眾聲討抗議。而就在此時，擔任護衛的警察機動部隊突然掏槍對示威群眾展開無差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現。在與不明敵人對決過程中，草薙素子（坂本真綾 配音）和獨立機動部隊的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛衣 配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進行恐怖活動的事實。公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）拒絕將其交給陸軍情報部穗積上校（慶長佑香 配音），而是命令草薙將艾瑪護送至501機關接受調查。草薙在少女身上不僅發現兩個靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……