在廣袤安寧的原始森林中，快樂的藍精靈們正在準備一年一度的藍月亮節。而就在這歡喜忙碌的關頭，他們的宿敵——邪惡的巫師格格巫（漢克·阿扎瑞亞 Hank Azaria 飾）和他的寵物阿茲貓闖入了藍精靈的秘密領地。受到驚嚇【xià】的藍精靈四散而逃，其中可憐的笨笨（安東·尤金 Anton Yelchin 配音）則盲打誤撞跑進了據說曾經死掉99個藍精靈的瀑布進去。最終，笨笨連同營救他的藍爸爸、藍妹妹、聰聰等卷入了神秘的漩渦，來到了美國紐約的中央花園。在這個完全陌生的世界，他們得到化妝品業的帕特里克（尼爾·帕特里克?哈里斯 Neil Patrick Harris 配音）的幫助。為了返回大森林，藍精靈們想盡各種辦法。與此同時，格格巫和阿茲貓也來到紐約……