1949年，解放軍和平解放新疆，新疆軍區成立，甘祖昌擔任后勤部副部長。當時，敵特支持投機倒把分子新疆擾亂物價，大肆壟斷黃金銀圓，妄圖從經濟上困死解放軍，甘祖昌低價將銀圓投入流通市場，打擊奸商氣焰，穩定市場，穩定新疆政局。其后，敵特分子為報復甘祖昌制造車禍，令他頭部重傷。1955年甘祖昌被授予少將軍銜，和他同村同時入伍的李保山則授校銜。李對甘很嫉妒，違紀后被解職回鄉。甘祖昌腦震蕩后遺癥嚴重，自覺不在適合服務軍隊，加之回家后看到家鄉雖解放但生活仍貧困，自請辭職，解甲歸田，回到老家江西蓮花縣沿背村。回鄉后，他不辭辛勞，繼續為家鄉經濟建設做貢獻。他排除萬難，修整水旱田，修建水【shuǐ】庫，創建公社農科所等，使農民生活大有改善。甘祖昌不戀高位而選擇奉獻，不圖享受而甘于奮斗的精神成為領導干部的楷模，時代的先鋒。